サンゴ礁は、生物種の宝庫といわれる熱帯雨林と並んで、単位面積あたりに生息する生物の種類数が最も多い場所といわれ、生物の最も豊富な生態系の１つとしてよく知られています。
サンゴ礁は、石灰質の骨をつくる動物のサンゴをはじめとして、かたい骨や殻をもった生物たちが死んだ後に残したものが、長年にわたって積もりつもって形成されています。サンゴ礁をつくる主な動物「サンゴ」が地球上に出現したのは、人類が誕生した約２５０万年前よりはるか昔、約４億年前といわれています。サンゴ礁は、まさに生物たちがつくり上げてきた軌跡となっているのです。

特に石垣島の海には３００種をこえるサンゴが生息していて、島の大きさからみれば、世界一のサンゴの宝庫となっています。
沖縄に住むサンゴの新種は続々と発見されていますが、地球上に１００万種余りの生物が住んでいるなか、沖縄のように１ヶ所でこれほど大量の新種が発見されるのは他に類を見ません。

沖縄のサンゴ礁は、ほとんどが「裾礁（きょしょう）」とよばれる島のまわりにできるタイプとなっています。島々を取り巻く防波堤として陸地を守るだけでなく、多くの生き物たちの住み場所にもなっています。また、サンゴ礁は隆起して陸地（島）をつくることもあり、竹富島や黒島、水納島などがサンゴ礁の隆起でできています。
１９８６年には、西表島にある周囲２０メートル以上もある巨大なアザミサンゴ群体がギネスブック認定されたのですが、「ギネスサンゴ」として、いまだ全国のダイバーたちが訪れる人気スポットとなっています。
ほかにも、沖縄だけに生息する「スワリクサビライシ」というサンゴや、全国のダイバーがワッと驚く、大きなキノコ状や盤状をした軟体サンゴ「ウミキノコ類」も、沖縄のサンゴの特徴。ウミキノコ類は、ガンの治療に有効な抗腫瘍性物質が含まれていることが判明し、世界的にも注目されています。
また、沖縄の白い砂浜の砂粒をよく見てみると、枝状や塊状の白い石が集合体となっているサンゴの骨の一部を見ることができます。
ちなみに、沖縄のお土産で有名な「星砂」はサンゴではなく「有孔虫」という単細胞生物の殻。日本では琉球列島のみで見つけることができます。生きているときは星形の殻のなかに細胞がつまっていて、潮だまりの海藻や岩にくっついています。

この黒潮は、他の海域の黒潮とは異なり、沖縄の西側海域で南シナ海の「沿岸水」と混じっていっそう栄養分をもつ海流に成長し、さらに広大な中国大陸を流れる揚子江や黄河により運ばれた泥分によって栄養分に富んでいます。
そのため、植物プランクトンや動物プランクトンが無数に繁殖し、魚介類の宝庫といわれる「東シナ海漁場」をつくりあげ、世界一種類が豊富なサンゴが育まれてきたのです。